1. Περιφέρειες

Το Αιγαίο περιλαμβάνει διοικητικά τις περιφέρειες Βορείου και Νοτίου Αιγαίου, οι οποίες απαρτίζονται από τους νομούς Λέσβου, Χίου, Σάμου και Κυκλάδων, Δωδεκανήσου αντίστοιχα. Η συνολική επιφάνεια των νησιών του Αιγαίου είναι 9.122 τ.χλμ. – δηλ. αποτελούν το 6,9% της συνολικής επιφάνειας της χώρας. Συνολικά αριθμεί 88 μικρά και μεγάλα νησιά, εκ των οποίων κατοικούνται τα 57.

Με την ψήφιση του νόμου 1622/1986, σύμφωνα με τον οποίο η επικράτεια χωρίστηκε σε 13 περιφέρειες, δημιουργήθηκαν στο χώρο του Αιγαίου οι περιφέρειες Βορείου και Νοτίου Αιγαίου με έδρα στη Λέσβο και στη Σύρο αντίστοιχα. Το 1994 ιδρύθηκαν οι νομαρχίες, οι οποίες σήμερα διοικούν τους νομούς Λέσβου, Χίου, Σάμου, Κυκλάδων και Δωδεκανήσου. Βασική αρμοδιότητα των νομαρχιών αποτελεί ο αναπτυξιακός σχεδιασμός σε συνεργασία με τους Οργανισμούς Τοπικής Αυτοδιοίκησης (Ο.Τ.Α.) α΄ βαθμού, τους κοινωνικούς, επαγγελματικούς και επιστημονικούς φορείς κάθε νομού υπό το συντονισμό της περιφέρειας, αλλά και η εφαρμογή του αναπτυξιακού σχεδιασμού μέσω των νομαρχιακών υπηρεσιών και άλλων θεσμών/φορέων όπως αναπτυξιακών εταιρειών, κέντρων επαγγελματικής κατάρτισης κ.ά.

2. Επαρχεία

Αμέσως επόμενη διοικητική βαθμίδα είναι το επαρχείο. Τα επαρχεία στο Αιγαίο είναι δώδεκα: δύο στο Βόρειο (Λήμνου, Ικαρίας) και δέκα στο Νότιο Αιγαίο (Άνδρου, Θήρας, Νάξου, Μήλου, Κέας, Πάρου, Τήνου, Καλύμνου, Καρπάθου και Κω). Αυτά δημιουργήθηκαν ως αποκεντρωμένες υπηρεσίες των νομαρχιών, στις οποίες περιήλθαν το 1994, για την εξυπηρέτηση των νομών με έντονο πληθυσμιακό κατακερματισμό. Διοικούνται από αιρετό έπαρχο, επικεφαλής πενταμελούς επαρχιακού συμβουλίου, τα μέλη του οποίου λαμβάνουν μέρος ταυτόχρονα και στο νομαρχιακό συμβούλιο.

3. Δήμοι και κοινότητες

Την 1η Ιανουαρίου 1999 βάσει του νόμου 2539/97 («νόμος Καποδίστρια») ιδρύθηκαν νέοι δήμοι, οι οποίοι προέκυψαν από συνενώσεις άλλων μικρών δήμων και κοινοτήτων με αποτέλεσμα σήμερα το Αιγαίο να αριθμεί 80 δήμους και 14 κοινότητες. Ο τελευταίος βαθμός αυτοδιοίκησης, ο ιστορικός θεσμός της κοινότητας, διατηρείται σε σημαντικό βαθμό (περίπου 15% των Ο.Τ.Α. του Αιγαίου) και μετά την εφαρμογή του «νόμου Καποδίστρια» στο Αιγαίο εξαιτίας της γεωγραφικής διασποράς των νησιών (βλ. κοινότητα Αγίου Ευστράτιου, Δονούσας, Σχοινούσας κ.ά.) και του ειδικού χαρακτήρα ορισμένων από αυτές τις κοινότητες (βλ. κοινότητα Οίας). Στο Βόρειο Αιγαίο βρίσκονται 35 δήμοι και μία κοινότητα (17 δήμοι και μία κοινότητα στο νομό Λέσβου, 10 δήμοι στο νομό Χίου και 8 δήμοι στο νομό Σάμου) και στο Νότιο Αιγαίο βρίσκονται 45 δήμοι και 13 κοινότητες (25 δήμοι και 2 κοινότητες στο νομό Δωδεκανήσου, και 20 δήμοι και 11 κοινότητες στο νομό Κυκλάδων).

4. Υπουργείο Αιγαίου

Τέλος δεν πρέπει να παραβλεφθεί η λειτουργία του υπουργείου Αιγαίου, το οποίο ιδρύθηκε με το νόμο 1588/1986 και το οποίο, λόγω του είδους των αρμοδιοτήτων του, δεν επηρέασε σημαντικά τη λειτουργία των άλλων βαθμών διοίκησης.