1. Παλαιοχριστιανικοί χρόνοι (4ος-6ος αιώνας)

1.1. Η πόλη

Η γεωγραφική θέση της Θήβας υπήρξε ανέκαθεν στρατηγικής σημασίας, καθώς βρίσκεται σε σταυροδρόμι χερσαίων και θαλάσσιων επικοινωνιών.

Η ακρόπολη, η Καδμεία –ένας μακρόστενος λόφος που κατοικείται συνεχώς από τους Προϊστορικούς χρόνους–, παρείχε ασφάλεια με τη φύσει οχυρή θέση της, καθώς υψωνόταν με απότομες πλαγιές ανάμεσα στα δύο ποτάμια, τη Δίρκη δυτικά και το Χρυσορρόα ανατολικά, που λειτουργούσαν ως φυσικές τάφροι. Τόσο η ακρόπολη όσο και η κάτω πόλη προστατεύονταν από οχυρώσεις.

Σταδιακά όμως η πόλη άρχισε να συρρικνώνεται και οι κάτοικοι περιορίστηκαν πλέον στο λόφο της Καδμείας, έτσι ώστε ο Στράβωνας, στην καμπή του 1ου προχριστιανικού προς τον 1ο μεταχριστιανικό αιώνα, αναφέρει ότι η Θήβα είναι το πολύ μια κώμη. Την όψη χωριού είχε και κατά την επίσκεψη του Παυσανία, το 2ο αι. μ.Χ. Από τη μαρτυρία του όμως ότι «οι Θηβαίοι είχαν στον περίβολο του αρχαίου τείχους επτά πύλες, οι οποίες παραμένουν και επί των ημερών μας» θεωρείται δεδομένο από τους περισσότερους μελετητές ότι η Καδμεία συνέχισε να είναι οχυρωμένη στην εποχή του.

Κατά τις λεηλασίες του Αλάριχου στη Βοιωτία, το 396, μόνο η Θήβα έμεινε άθικτη, επειδή δεν κατάφερε να την εκπορθήσει, σύμφωνα με τον ιστορικό Ζώσιμο. Φαίνεται επομένως πως τα αρχαία τείχη της Καδμείας εξακολουθούσαν να είναι ακόμη ισχυρά. Γι’ αυτό άλλωστε και δε χρειάστηκαν ανανέωση, όταν ο Ιουστινιανός προέβη σε ευρείας κλίμακας οχυρωματικά έργα. Όπως έχει διευκρινιστεί, το σχετικό χωρίο του Προκοπίου στο Περί κτισμάτων σύγγραμμά του αναφέρεται στις Θεσσαλικές Θήβες και όχι στις Βοιωτικές.

1.2. Τα κτήρια

Μέχρι τα μέσα του 6ου αιώνα η Θήβα διανύει μια ειρηνική περίοδο και βρίσκεται σε φάση ακμής. Αυτό διαπιστώνεται από τα μεγάλα οικοδομήματα που θεμελιώνονται γερά πάνω στα παλαιότερα, επαναχρησιμοποιώντας το υλικό τους, διακοσμημένα σε πολλές περιπτώσεις με ψηφιδωτά δάπεδα, έργα τοπικού εργαστηρίου. Το γνωστότερο από όλα, εκείνο με την απεικόνιση μηνών και σκηνής κυνηγιού και τη σημαντική επιγραφή που αναφέρει το Δημήτριο που συνέλαβε το σχέδιο, τον Επιφάνη που το εξετέλεσε και την ψυχή του όλου έργου, τον ιερέα Παύλο, έχει αποδοθεί σε βασιλική, παρόλο που δεν αποκαλύφθηκε η κόγχη του ιερού. Τμήμα μιας μεγάλης παλαιοχριστιανικής κόγχης, της μοναδικής έως σήμερα στη Θήβα, αποκαλύφθηκε πρόσφατα στο παλαιό νεκροταφείο της πόλης, στο βορειοανατολικό άκρο του ναού του ευαγγελιστή Λουκά. Ο χώρος θεωρείται ανέκαθεν ιερό προσκύνημα, εφόσον πιστεύεται ότι στην ενσωματωμένη στο διακονικό μαρμάρινη σαρκοφάγο του 2ου αιώνα ενταφιάστηκε ο ευαγγελιστής Λουκάς. Κάτω από τη σαρκοφάγο διερευνήθηκε και ένας τάφος που χρησίμευε μέχρι πρόσφατα ως οστεοφυλάκιο. Είναι κιβωτιόσχημος, χτισμένος με μεγάλες λιθόπλακες, το γεγονός όμως ότι δεν υπήρξαν κινητά ευρήματα δυσχεραίνει τη χρονολόγησή του. Δεν αποκλείεται πάντως να είναι σύγχρονος με την παλαιοχριστιανική βασιλική. Η ύπαρξη βασιλικών στην πόλη επιβεβαιώνεται και από τα γλυπτά αυτής της περιόδου, των οποίων όμως δεν είναι γνωστή η προέλευση.

Παρά τον αρκετά σημαντικό αριθμό των 50 περίπου παλαιοχριστιανικών θέσεων που έχουν εντοπιστεί έως σήμερα εντός και εκτός της Καδμείας, η ταύτισή τους είναι προβληματική. Αναγνωρίζονται με βεβαιότητα τέσσερα λουτρά, το ένα από τα οποία με ψηφιδωτό διάκοσμο. Ιδιαίτερη σημασία έχουν τα αντικείμενα που συγκεντρώθηκαν από την ανασκαφή κάποιων σπιτιών, μαγειρικά και αποθηκευτικά αγγεία, σφραγίδες άρτου και τριπτήρες μαζί με μαρμάρινες λεκάνες που χρησίμευαν ως γουδιά, απαραίτητα σε κάθε νοικοκυριό για τη σύνθλιψη σιτηρών, οσπρίων, καρπών κ.λπ. Πήλινες αγνύθεςεξάλλου και σφονδύλια, αλλά και κομμάτια από κυψέλες φανερώνουν την ενασχόληση των κατοίκων με την υφαντική και τη μελισσοκομία αντίστοιχα. Έξω από την πόλη υπήρχαν νεκροταφεία, σημαντική δε υπήρξε η αποκάλυψη μίας τουλάχιστον κατακόμβης.

1.3. Η εκκλησιαστική ιεραρχία

Τους ρυθμούς εξάπλωσης του χριστιανισμού στη Θήβα δεν τους γνωρίζουμε, αν και ήδη από τον 1ο αιώνα σε επιστολή του Αποστόλου Παύλου προς τους Ρωμαίους μαρτυρείται ο Ρούφος, που έγινε ο πρώτος επίσκοπος. Άγνωστη παραμένει και η εκκλησιαστική κατάσταση. Στους επισκοπικούς καταλόγους της Ε΄ Οικουμενικής Συνόδου στην Κωνσταντινούπολη επί Ιουστινιανού, το 553, απουσιάζει το όνομα επισκόπου των Θηβών, καμία δε αναφορά στις Βοιωτικές Θήβες και στην εκκλησία τους δεν υπάρχει στην εκτεταμένη και πλούσια σε πληροφορίες αλληλογραφία του πάπα Γρηγορίου Α΄ του Μεγάλου (590-604).

1.4. Ο σεισμός

Ένας πολύ δυνατός σεισμός που έπληξε τη Βοιωτία το 551, σύμφωνα με τον ιστορικό Προκόπιο, δεν κατάφερε να επιφέρει καίριο πλήγμα στο ακμαίο αστικό κέντρο της Θήβας. Ανασκαφικά διαπιστώθηκε ότι αιτία καταστροφής ενός κτηρίου με ψηφιδωτό δάπεδο υπήρξε ο σεισμός. Τμήμα του ψηφιδωτού είχε κατακρημνισθεί 2 μ. βαθύτερα, ενώ στην επιφάνεια του υπόλοιπου δαπέδου υπήρχε στρώμα καταστροφής με έντονα σημάδια πυρκαγιάς, πολλές κεραμίδες και ωμοπλίνθους.

2. Μεταβατικοί χρόνοι (7ος-8ος αιώνας)

Η εγκατάλειψη του αστικού βίου ήρθε αργότερα ως αποτέλεσμα των σλαβικών επιδρομών που μαρτυρούνται γύρω στο 580, τόσο από τα ανασκαφικά δεδομένα όσο και από την απόκρυψη θησαυρών.

Για την έκταση και τις συνέπειες της σλαβικής εγκατάστασης στη Θήβα και στη Βοιωτία γενικότερα δεν μπορεί να γίνει καμία εκτίμηση, εφόσον απουσιάζουν παντελώς γραπτές μαρτυρίες, σφραγιστικά και επιγραφικά τεκμήρια. Μετά την πρώτη εισβολή –που επέφερε και καταστροφές, όπως διαπιστώνεται ανασκαφικά–, οι Σλάβοι, οι οποίοι συνέχισαν να εισβάλλουν κατά κύματα, πρέπει να εγκαταστάθηκαν στην ύπαιθρο και κυρίως γύρω από την Κωπαΐδα, αφού, όπως έχει παρατηρηθεί, προτιμούσαν παραποτάμιες περιοχές και έλη.

Η δημογραφική συρρίκνωση, η έλλειψη κοινωνικής ιεράρχησης, η παρακμή του αστικού τρόπου ζωής, η υιοθέτηση της αρχής της αυτάρκειας σε ζωτικές καθημερινές ανάγκες και η αλλαγή του χαρακτήρα των συναλλαγών, οι οποίες φαίνεται ότι συντελούνταν με τη μέθοδο της ανταλλαγής –γι’ αυτό και έχουμε απουσία νομισμάτων–, αποτελούν μερικά από τα κύρια χαρακτηριστικά του νέου τρόπου ζωής.

Ορισμένοι από τους Θηβαίους αποφάσισαν να μείνουν στις εστίες τους. Το πιστοποιούν η περιορισμένη κεραμική που έχει αναγνωριστεί μέχρι σήμερα, καθώς και ορισμένα αρχιτεκτονικά μέλη που είχαν συγκεντρωθεί κατά καιρούς στο Αρχαιολογικό Μουσείο Θηβών, τα περισσότερα δυστυχώς χωρίς στοιχεία προέλευσης. Εκτός όμως από τους κατοίκους που παρέμειναν στον τόπο τους, προσπαθώντας να προσαρμοστούν στις νέες συνθήκες ζωής, πιστοί στις θρησκευτικές παραδόσεις τους, αρκετοί μετακινήθηκαν και προς την ύπαιθρο για την καλλιέργεια της γης. Γι’ αυτό και έχουμε άνθηση των αγροτικών εγκαταστάσεων, όπως έχει διαπιστωθεί από τις συστηματικές επιφανειακές έρευνες που διεξάγονται από ξένα πανεπιστήμια τα τελευταία περίπου 30 χρόνια.

Η απουσία νομισμάτων του 7ου και 8ου αιώνα, προς το παρόν τουλάχιστον, είναι παντελής. Σφραγιστικά τεκμήρια όμως του τέλους του 8ου αιώνα, όπως ένα μολυβδόβουλο άρχοντα και ένα ασημένιο πινάκιο με την προτομή της Ειρήνης Αθηναίας και την επιγραφή ενός χαρτουλαρίου του σακελλίου, αποτελούν στοιχεία που φανερώνουν εδραιωμένη και συνεχή παρουσία κεντρικής εξουσίας στη Θήβα, η οποία προετοιμάζει το έδαφος για τη μετάβαση της Καδμείας σε μεσαιωνικό αστικό κέντρο.

3. Μετάβαση της Θήβας σε μεσαιωνικό αστικό κέντρο (9ος αιώνας)

Ο 9ος αιώνας είναι εποχή πλήρους διοικητικής ανάκτησης του μεγαλύτερου μέρους της βαλκανικής και φυσικά της νοτιοελλαδικής ενδοχώρας. Ταυτόχρονα είναι η περίοδος όπου προετοιμάζεται μια νέα εκκλησιαστική διοίκηση, μετά την κρίση της Εικονομαχίας από το 726 έως το 787.

Μέσα σε αυτόν λοιπόν τον αιώνα θα συντελεστεί η μετάβαση της Θήβας σε μεσαιωνικό αστικό κέντρο με νομισματική κυκλοφορία, κοινωνική διαστρωμάτωση, αξιόλογη οικοδομική δραστηριότητα, βιοτεχνικές εγκαταστάσεις, αύξηση της παραγωγής και ανάπτυξη του εμπορίου.

Στα τέλη του 9ου αιώνα η Θήβα ορίζεται έδρα του στρατηγού του θέματος Ελλάδος, ενώ η θηβαϊκή εκκλησία αναδεικνύεται σε αυτοκέφαλη επισκοπή.

Το αίσθημα της ασφάλειας επαναφέρει στην πόλη τους διασκορπισμένους κατοίκους, αλλά σταδιακά προσελκύει και κρατικούς αξιωματούχους και επίδοξους γαιοκτήμονες, που συντελούν στη δημογραφική αύξηση. Στα χρόνια του ιδρυτή της Μακεδονικής δυναστείας Βασιλείου Α΄ χτίζεται με χρηματοδότηση του βασιλικού κανδιδάτου Βασιλείου ο ναός του Αγίου Γρηγορίου Θεολόγου (871/872). Το εργαστήριο γλυπτικής που εδρεύει στη Θήβα δέχεται συνεχώς και νέες παραγγελίες. Έντεκα τουλάχιστον επιστύλια τέμπλου του 9ου αιώνα φανερώνουν έξαρση στην οικοδόμηση εκκλησιαστικών μνημείων, που διαπιστώνεται και από τις ανασκαφές. Αναγνωρίζονται ακόμη σπίτια, μερικά μάλιστα και με γλυπτό διάκοσμο, ενώ προς το τέλος του αιώνα στις παρυφές της πόλης εμφανίζονται ένα εργαστήριο, πιθανότατα για βαφή υφασμάτων, και ένας υδρόμυλος, που φανερώνει εντατικοποίηση της παραγωγής.

4. Βυζαντινή Θήβα. Περίοδος ακμής (10ος-12ος αιώνας)

Κατά το α΄ μισό του 10ου αιώνα η περιοχή πλήττεται από τις επιδρομές των Βουλγάρων, υπό τον τσάρο Συμεών (918), και των Ούγγρων (943), που αναφέρονται και στο σημαντικότατο κείμενο του Βίου του Οσίου Λουκά του Στειριώτη. Στο τέλος του αιώνα, το 996/997, έχουμε νέα επιδρομή των Βουλγάρων, υπό τον τσάρο Σαμουήλ. Οι συνθήκες ανασφάλειας αποτυπώνονται στην κάμψη της οικοδόμησης και στη δραστική μείωση των γλυπτών.

4.1. Η Θήβα ως εκκλησιαστικό και διοικητικό κέντρο

Στα τέλη του 10ου με α΄ μισό του 11ου αιώνα η Θήβα αναδεικνύεται σε μητρόπολη. Μητροπολίτης Θηβών αναφέρεται πρώτη φορά το 1048 στο καταστατικό της θρησκευτικής αδελφότητας της Παναγίας Ναυπακτιώτισσας, που τελεί υπό την προστασία της μονής του Οσίου Λουκά. Σύμφωνα με το καταστατικό, πρόσφυγες από τη Ναύπακτο, φέρνοντας μαζί τους τη θαυματουργή εικόνα της Παναγίας Ναυπακτιώτισσας, εγκαταστάθηκαν στην «του Γυρίου γειτονίαν» στη Θήβα, όπου ίδρυσαν το γυναικείο μοναστήρι του Αρχαγγέλου Μιχαήλ. Η αποκάλυψη νότια, εκτός της Καδμείας, μιας βυζαντινής γειτονιάς με διάρκεια ζωής από τον 11ο έως τα μέσα του 13ου αιώνα που περιλαμβάνει και ένα μοναστικό συγκρότημα, στην επίχωση του οποίου βρέθηκε ένας κίονας με την επιγραφή Ο ΑΡΧ[ΑΓΓΕΛΟΣ] ή ΑΡΧ[ΙΣΤΡΑΤΗΓΟΣ] ΜΙΧ[ΑΗΛ] Ο ΧΟΝΙΑΤΗΣ, επιτρέπει την υπόθεση ότι πρόκειται για τη μονή που αναφέρεται στο καταστατικό. Το πολύτιμο για την εποχή του κείμενο του καταστατικού βρίσκεται σήμερα στο Παλέρμο της Σικελίας και πιθανολογείται ότι μεταφέρθηκε εκεί μετά τη λεηλασία της Θήβας, το 1147, από το Ρογήρο της Σικελίας.

Στα μέσα του 11ου αιώνα η Θήβα αποτελεί σπουδαίο διοικητικό κέντρο και τόπο διαμονής των αρχόντων που αποτελούσαν την τοπική αριστοκρατία. Το Κτηματολόγιο των Θηβών, ένα φορολογικό κατάστιχο αυτής της εποχής, μας παρέχει τα ονόματά τους και πολλές πληροφορίες για την αγροτική οικονομία της περιοχής.

4.2. Η Θήβα ως εμπορικό και μεταξοπαραγωγικό κέντρο

Η πόλη, χτισμένη στο μέσο μιας εύφορης πεδιάδας και ευνοημένη από το οδικό δίκτυο που εξυπηρετούσε την προς τη θάλασσα αλλά και τη διά ξηράς επικοινωνία, έμελλε να γίνει μεγάλο εμπορικό κέντρο. Στη διακίνηση του εμπορίου σημαντικό ρόλο έπαιξαν Βενετοί έμποροι, μόνιμα εγκατεστημένοι σε αυτή (αναφέρονται τουλάχιστον 60 ονόματα μέχρι τα τέλη του 13ου αιώνα), μετά τα προνόμια που τους παραχώρησαν με χρυσόβουλα οι αυτοκράτορες Αλέξιος Α΄ Κομνηνός, το 1082 πιθανότατα, και Αλέξιος Γ΄ Άγγελος το 1198. Η αξιοσημείωτη πληθυσμιακή αύξηση είχε αποτέλεσμα την εξάπλωση της πόλης έξω από τα όρια της Καδμείας. Εκεί, προς τα ανατολικά, στη λεγόμενη συνοικία Αστέγων, εκτός από τα αποκαλυφθέντα σπίτια εντοπίστηκαν τα θεμέλια ενός ναού, ίδιας μορφής με την Παναγία της μονής του Οσίου Λουκά, αλλά μεγαλύτερου, και μάλιστα του πιο μεγάλου από όσους έχουν ανασκαφεί έως σήμερα στη Θήβα.

Η ανάπτυξη όμως στα μέσα του 11ου αιώνα περίπου της βιοτεχνίας μετάξης ήταν εκείνη που αποτέλεσε για δύο τουλάχιστον αιώνες την κύρια πλουτοπαραγωγική πηγή της Θήβας. Ορισμένοι βασικοί παράγοντες οδήγησαν σταδιακά σε αυτή την εξέλιξη: η συστηματική καλλιέργεια της μουριάς, τα άφθονα νερά και τα φυτά από όπου προέρχονταν οι βαφές, όπως το πρινοκόκκι και το ριζάρι, που αφθονούσαν στην περιοχή.

Κατά το 12ο αιώνα η Θήβα ξεπέρασε σε φήμη ως κέντρο μεταξοπαραγωγής και την ίδια τη βασιλεύουσα. Οι βυζαντινές πηγές της εποχής, ο Νικήτας Χωνιάτης και ο Ιωάννης Τζέτζης, μιλούν με θαυμασμό για την «ιστουργικήν κομψότητα» των υφαντών όσο και για το «χρωματουργείν ευφυώς» από τις Θηβαίες τεχνίτριες. Με το μετάξι όμως ασχολήθηκαν και οι Εβραίοι. Είναι γνωστό ότι από το 1135 ήταν εγκατεστημένη στη Θήβα μια ανθηρή εβραϊκή κοινότητα. Η μεγάλη ακμή της πόλης έγινε αιτία για την επιδρομή του ηγεμόνα της Σικελίας Ρογήρου Β΄, το 1147, όπως ήδη αναφέρθηκε. Μαζί με τα υπόλοιπα λάφυρα μεταφέρθηκαν στη Σικελία και μεταξοτεχνίτες Έλληνες και Εβραίοι. Παρ’ όλα αυτά όμως η Θήβα συνήλθε πολύ γρήγορα και η μεταξοβιοτεχνία της συνέχισε να παράγει τα εξαιρετικής ποιότητας προϊόντα της. Το 1160, που πέρασε από εκεί ο Ισπανοεβραίος περιηγητής Βενιαμίν ο εκ Τουδέλης, η εβραϊκή κοινότητα αριθμούσε 2.000 άτομα, τα οποία ήταν «οι πιο επιδέξιοι τεχνίτες στο μετάξι και στην πορφύρα σε όλη την Ελλάδα». Μια περιοχή δυτικά της Καδμείας ονομάζεται μέχρι σήμερα Εβραίικα και εκεί πρέπει να ήταν εγκατεστημένοι οι Εβραίοι, δουλεύοντας στα εργαστήρια που αποκαλύφθηκαν σε αυτή την περιοχή.

4.3. Το έργο του μητροπολίτη Ιωάννη Καλοκτένη

Ιδιαίτερη μέριμνα παρατηρείται προς το τέλος του 12ου αιώνα για την υδροδότηση της πόλης με την κατασκευή υδραγωγείου που έφερνε το νερό από τις πηγές του Ισμηνού. Το σπουδαίο αυτό έργο, που κατεδαφίστηκε δυστυχώς στις αρχές του 20ού αιώνα –γνωρίζουμε όμως τη μορφή του από απεικονίσεις περιηγητών–, αποδίδεται στο δραστήριο μητροπολίτη Ιωάννη Καλοκτένη. Ο ίδιος ιεράρχης θεωρείται ότι ίδρυσε πολλά κοινωφελή ιδρύματα, ενώ από τους δεκαπέντε ναούς που έχει διαπιστωθεί ανασκαφικά ότι λειτουργούσαν κατά το 12ο αιώνα θα μπορούσαν να αποδοθούν σε αυτόν τουλάχιστον δύο, με εξαιρετικό ζωγραφικό διάκοσμο. Υπήρχαν όμως και πολλά μοναστήρια στην εποχή του, σύμφωνα με πληροφορία του μητροπολίτη Ναυπάκτου Ιωάννη Απόκαυκου (1155-1238). Ένα ανδρικό μάλιστα, αφιερωμένο στη Θεοτόκο, μετατράπηκε από τον Καλοκτένη σε γυναικείο, με ηγουμένη τη Δεκανή.

5. Περίοδος Φραγκοκρατίας (13ος αιώνας έως α΄ μισό 15ου αιώνα)

Για τα ιστορικά γεγονότα του 12ου και των αρχών του 13ου αιώνα σπουδαιότερες πηγές αποτελούν τα κείμενα του μητροπολίτη Αθηνών Μιχαήλ Χωνιάτη –του οποίου μάλιστα βρέθηκε και ένα μολυβδόβουλο στη Θήβα– και του αδελφού του Νικήτα, ο οποίος αναφέρεται στην επιδρομή του Ρογήρου της Σικελίας, το 1147, και στην κατάληψη της Θήβας, το 1204, από τον άρχοντα της Αργολιδοκορινθίας Λέοντα Σγουρό.

Λίγο αργότερα ο Βονιφάτιος Μομφερατικός, πρώτος Λατίνος ηγεμόνας της Θεσσαλονίκης, εξανέμισε τις δυνάμεις του Σγουρού στις Θερμοπύλες και εισέβαλε στη Βοιωτία ανενόχλητος. Οι Θηβαίοι μάλιστα, σύμφωνα με το Νικήτα Χωνιάτη, «τον δέχτηκαν με ευχαρίστηση σαν να υποδέχτηκαν κάποιο ντόπιο που είχε επιστρέψει στην πατρίδα του». Παρόμοια υποδοχή με μουσικούς και εκδηλώσεις χαράς επιφυλάχθηκε από τους Θηβαίους και στον αυτοκράτορα Ερρίκο το 1209. Οι Λομβαρδοί συνάρχοντες όμως Αλμπερτίνο και Ρολαντίνο Κανόσα, που κατείχαν τη Θήβα από το 1207, οχυρώθηκαν στην Καδμεία και δε δέχονταν να αναγνωρίσουν την κυριαρχία του Λατίνου αυτοκράτορα, ο οποίος την πολιόρκησε και την κατέλαβε.

5.1. Οι κατακτητές ντε λα Ρος (de la Roche), Σεντ Ομέρ (Saint-Omer) και οι Καταλανοί

Γύρω στα 1210 οι ηγεμόνες της γαλλικής οικογένειας ντε λα Ρος την έκαναν πρωτεύουσα του φραγκικού δουκάτου Αθηνών και Θηβών.

Ανάμεσα στα 1230 και 1240 η πόλη περιήλθε στη φλαμανδική οικογένεια των Σεντ Ομέρ. Ένας από αυτούς, ο Νικόλαος Β΄, έχτισε περίπου το 1287 στην Καδμεία ισχυρό φρούριο, τμήμα του οποίου αποτελεί ο γνωστός ως Πύργος του Σανταμέρη, που βρίσκεται στο χώρο του Αρχαιολογικού Μουσείου. Το παλάτι του, μεγάλο και πλούσια διακοσμημένο με τοιχογραφίες που παρίσταναν την κατάληψη των Αγίων Τόπων από τους σταυροφόρους, καταστράφηκε δυστυχώς αργότερα, το 1331, από τους Καταλανούς, όταν κατέλαβαν τη Θήβα. Τα κατάλοιπά του αναγνωρίζονται σήμερα, χάρη στο μέγεθος και στη θέση του στο κέντρο της Θήβας, στο χώρο ακριβώς του μηκηναϊκού ανακτόρου.

5.2. Εκκλησιαστική κατάσταση

Την περίοδο της Φραγκοκρατίας εγκαταστάθηκαν στη Θήβα Λατίνος αρχιεπίσκοπος και τάγματαδομινικανών και φραγκισκανών. Στο τάγμα των ναϊτών είναι γνωστό ότι παραχώρησε ο πάπας Ιννοκέντιος Γ΄ την Αγία Φωτεινή. Μητρόπολη των Φράγκων υπήρξε ο σημερινός μητροπολιτικός ναός της Παναγίας Λόντζιας, στον οποίο πραγματοποιούνταν με εξαιρετική λαμπρότητα οι στέψεις και άλλες τελετές των δυτικών αρχόντων. Με το ναό συνδέεται άμεσα ένα εργαστήριο μεταλλοτεχνίας που αποκαλύφθηκε σε μικρή απόσταση ανατολικότερα. Το σημαντικότερο από τα ευρήματα και μοναδικό για τον ελλαδικό χώρο είναι μια σιδερένια σφραγίδα για το ψήσιμο και το σφράγισμα της όστιας, που εκτίθεται σήμερα στο Βυζαντινό Μουσείο Αθηνών.

Την εποχή της Καταλανοκρατίας ιδιαίτερη σημασία για τα παπικά σχέδια στην Ανατολή είχε ο διορισμός από τον πάπα Ουρβανό Ε΄ του ελληνικής καταγωγής καθολικού αρχιεπισκόπου Σίμωνα Ατουμάνου στην αρχιεπισκοπή Θηβών το 1366. Μετά την κατάληψη της Θήβας (1379) από τους μισθοφόρους Ναβαραίους με αρχηγό τον Ιωάννηde Urtubia, ο Ατουμάνος εγκατέλειψε τον επόμενο χρόνο την αρχιεπισκοπή του και εγκαταστάθηκε στη Ρώμη, όπου δίδασκε την ελληνική γλώσσα.

5.3. Ατζαγιόλι (Acciauoli), οι τελευταίοι Φράγκοι επικυρίαρχοι

Ακολουθεί το 1380 η κυριαρχία του φλωρεντινού τραπεζικού οίκου των Ατζαγιόλι, με ιδρυτή του δουκάτου της Αττικοβοιωτίας το Νέριο Α΄. Μετά το θάνατό του (1394) ο κληρονόμος του Αντώνιος Α΄, ο μακροβιότερος Λατίνος ηγεμόνας στην περιοχή, θα διοικήσει συνετά και με σταθερότητα υπό οθωμανική υποτέλεια και βενετική επιτήρηση μέχρι το τέλος της ζωής του (1435). Επί των ημερών του αναπτύχθηκε και πάλι το εμπόριο με την παραχώρηση προνομίων σε Φλωρεντινούς εμπόρους. Τα κεραμικά του εργαστηρίου της Φαέντσας, που βρέθηκαν σε ανασκαφές της Θήβας, πιστοποιούν τη διαμονή τους στην πόλη. Αμέσως μετά το θάνατο του Αντωνίου, ο μπέης της Θεσσαλίας Τουραχάν κατέλαβε τη Θήβα και έθεσε υπό την οθωμανική επικυριαρχία τη Βοιωτία. Ο τελευταίος «αυθέντης των Θηβαίων», ο Φράνκο Ατζαγιόλι, δολοφονήθηκε το 1460, με εντολή του σουλτάνου Μωάμεθ Β΄.

6. Οθωμανική κατάκτηση

6.1. Πρώιμη περίοδος (15ος-16ος αιώνας)

Έκτοτε οι Οθωμανοί παραμένουν κυρίαρχοι στην περιοχή μέχρι το 1829. Η Βοιωτία διαιρέθηκε από την οθωμανική εξουσία σε δύο διοικητικές περιφέρειες (καζάδες), τον καζά της Λιβαδειάς και τον καζά των Θηβών, όπου εγκαταστάθηκαν φρουροί. Οι πρόσοδοι των καζάδων, από τη γεωργική και κτηνοτροφική οικονομία, επιμερίστηκαν σε μικροτιμαριούχους, αλλά και σε μεγάλους διοικητικούς και στρατιωτικούς αξιωματούχους, με έδρα των περισσοτέρων τη Χαλκίδα, πρωτεύουσα του σαντζακίου του Ευρίπου, μετά το 1470. Στη Θήβα ζουν περίπου 500 οικογένειες, στο τέλος όμως του 15ου αιώνα η αύξηση είναι εντυπωσιακή, έτσι ώστε να κατατάσσεται έβδομη στη σειρά των μεγάλων πόλεων της Βαλκανικής. Οι μουσουλμάνοι αποκτούν σταδιακά τα δικά τους θρησκευτικά καθιδρύματα. Είναι γνωστό από τις πηγές ότι ένας αγάς, ο Yakub, έχτισε στη Θήβα τέμενος, λουτρό και θρησκευτικό σχολείο.

Κατά την Πρώιμη Οθωμανική περίοδο υπάρχει ευημερία που οφείλεται στην πολιτική ασφάλεια, την κοινωνική σταθερότητα, τη χαμηλή φορολογία και την οικονομική ευμάρεια σε συνθήκες ειρηνικής ζωής (Pax Ottomanica). Το κυριότερο αγροτικό προϊόν της βοιωτικής γης ήταν το σιτάρι, του οποίου η εξαγωγή γινόταν από το λιμάνι της Λιβαδόστρας. Πληροφορίες από οθωμανικά φορολογικά κατάστιχα αναφέρουν ότι στις αρχές του 16ου αιώνα λειτουργούσαν στη Θήβα δεκαεπτά μύλοι και προς το τέλος του αιώνα τριάντα. Εκτός όμως από το σιτάρι υπήρχε παραγωγή κρασιού, οσπρίων, μελιού, φυτικών ινών, βαφικών υλών αλλά και ανεπτυγμένη κτηνοτροφία. Ο πληθυσμός της Θήβας έφτασε, σύμφωνα με φορολογικό κατάστιχο του 1570, τους 8.000 κατοίκους.

6.2. Καλλιτεχνική παραγωγή

Κατά το 16ο αιώνα η Θήβα έχει να επιδείξει και καλλιτεχνική παραγωγή. Είναι ο τόπος καταγωγής τριών μεγάλων ζωγράφων – του Φράγγου Κατελάνου και των αδελφών Γεωργίου και Φράγγου Κονταρή. Εκπροσωπούν ένα ζωγραφικό κίνημα που δημιουργήθηκε στην ηπειρωτική Ελλάδα απέναντιστη σύγχρονη κρητική ζωγραφική. Ήταν γνωστά τα έργα τους κυρίως σε μνημεία της βορειοδυτικής Ελλάδας αλλά και στην ευρύτερη περιοχή των Θηβών, στις μονές Γαλατάκη στην Εύβοια και Οσίου Μελετίου στον Κιθαιρώνα. Πρόσφατα όμως επισημάνθηκαν τοιχογραφίες των αδελφών Κονταρή στα γειτονικά χωριά Ακραίφνιο και Κόκκινο, αλλά και μέσα στην ίδια τη Θήβα.

Στη Θήβα επίσης γράφτηκε το 1563 –στον τότε μητροπολιτικό ναό του Αγίου Στεφάνου από τον κωδικογράφο της Βιβλιοθήκης του Βατικανού Μανουήλ Μαλαξό που είχε εγκατασταθεί στην πόλη και ήταν νοτάριος της μητρὀπολης– ο Νομοκάνονας, μια συλλογή της εκκλησιαστικής νομοθεσίας.

6.3. Όψιμη περίοδος (17ος-19ος αιώνας)

Το 17ο αιώνα αυξάνονται τα οθωμανικά μνημεία, τα οποία κατονομάζει ο Οθωμανός περιηγητής Εβλιγιά Τσελεμπί, ο οποίος, εφοδιασμένος με σουλτανικό φιρμάνι, επισκέπτεται τη Θήβα το 1668. Σύμφωνα με τον Τσελεμπί, η Θήβα είχε δεκαεπτά μαχαλάδες Ρωμιών, έξι μουσουλμανικούς και ένα μαχαλά Εβραίων. Βόρεια έξω από την πόλη βρήκε τα λατομεία απ’ όπου γινόταν η εξόρυξη του σηπιόλιθου, μιας άσπρης μαλακής πέτρας από την οποία κατασκευάζονταν οι λουλάδες, το κύριο εξάρτημα του ναργιλέ. Η επεξεργασία γινόταν εκεί που υπήρχαν και τα καταστήματα, στην οδό Επαμεινώνδα, όπου κατά τις ανασκαφές αποκαλύφθηκαν τεμάχια σηπιόλιθου σε διάφορα στάδια επεξεργασίας. Οι λουλάδες αυτοί, περίτεχνα σκαλισμένοι, εξάγονταν σε όλη την Οθωμανική Αυτοκρατορία σε χαμηλή τιμή.

Ωστόσο, η Οθωμανική Αυτοκρατορία υπέστη κατά το 17ο αιώνα μια σειρά κρίσεων που επέφεραν μεγάλες αλλαγές. Η μετατόπιση της ιδιοκτησίας από τα χέρια των ελεύθερων αγροτικών κοινοτήτων, που πλήρωναν χαμηλούς φόρους στις κεντρικές Αρχές, στους γαιοκτήμονες, που απομυζούσαν το πλεόνασμα των αγροτών και έπαιρναν μεγάλο μέρος του φόρου που στήριζε τα οικονομικά του κράτους, είχε αποτέλεσμα την απώλεια δύναμης στο κέντρο. Παρατηρήθηκε τότε εξασθένηση των αγροτικών πληθυσμών, που επέφερε ελάττωση του εργατικού δυναμικού και δημογραφική κάμψη. Ο πληθυσμός της Θήβας μεταξύ του 1570 και του 1642 μειώθηκε στους 4.000 κατοίκους. Τέλος έγινε υποτίμηση του νομίσματος, ενώ η οικονομική και εμπορική δύναμη των δυτικοευρωπαϊκών κρατών συνεχώς αυξανόταν.

Οι επαχθείς φόροι, οι καταπιέσεις και αυθαιρεσίες των Οθωμανών, καθώς και οι εξευτελιστικοί όροι ζωής που επέβαλλαν στους υποτελείς χριστιανικούς πληθυσμούς αποτελούσαν καθημερινή πραγματικότητα. Τούτο οδήγησε τους Έλληνες στους αγώνες για την εθνική ανεξαρτησία τους, με αποκορύφωμα την Επανάσταση του 1821. Το τίμημα για τη Θήβα ήταν βαρύ, καθώς μαζί με το θυμό του εγκέλαδου τη μετέτρεψαν, στο τέλος του 19ου αιώνα, σε έναν απέραντο ερειπιώνα.